CD Genomika Blog

Co je 16S rRNA

16S rRNA (16S ribozomální RNA), je součástí prokaryotické 30S podjednotku ribozomu. „S“ v 16S je sedimentační koeficient, tedy index odrážející sestupnou rychlost makromolekuly v odstředivém poli. Čím vyšší je hodnota, tím větší je molekula. Gen 16S rRNA je sekvence DNA odpovídající bakteriím kódujícím rRNA, která existuje v genomu všech bakterií. 16S rRNA je vysoce konzervovaná a specifická a genová sekvence je dostatečně dlouhá.,

postav 16S rRNA

16S rRNA je ribozomální RNA, nutné pro syntézu všech prokaryotické proteiny a má následující charakteristiky:

Více kopií

Každá bakterie obsahuje 5~10 kopií 16S rRNA, což citlivost detekce vysoce.

Více informací

vnitřní struktura genu 16S rRNA se skládá z proměnných oblastí a konzervovaných oblastí., Zachovaných oblast je společná pro všechny bakterie, a variabilní regiony mají různé stupně rozdílu mezi různými bakteriemi, s specifičnost rodu nebo druhu, a proměnné regionů a konzervativní oblasti jsou prokládané. Proto, univerzální primery různých bakterií mohou být navrženy podle konzervativní oblasti a specifické primery či sondy specifické bakterie mohou být navrženy podle proměnné oblasti. Mezidruhové rozdíly informací obsažených v proměnných oblastech 16S rRNA činí detekci specifickou.,

délka je mírná

délka genu kódujícího 16S rRNA je asi 1500bp, který obsahuje asi 50 funkčních domén.

funkce 16S rRNA

16S rRNA má řadu funkcí:

① imobilizace ribozomálních proteinů působí jako lešení.

②3 end obsahuje reverzní SD sekvenci, která se používá k svázat AUG iniciační kodon mRNA. Bylo zjištěno, že kombinace 16S rRNA 3 ‚ End s S1 a S21 souvisí se zahájením syntézy proteinů.

③ spolupracuje s 23S, aby pomohla integrovat dvě ribozomové jednotky., (50s+30s)

16S detekce genu rRNA

se vznikem technologie PCR a neustálým zlepšováním technologie výzkumu nukleových kyselin se technologie detekce genů 16S rRNA stala výkonným nástrojem pro detekci a identifikaci patogenů. Díky neustálému zlepšování databáze lze technologii použít k klasifikaci, identifikaci a detekci patogenů rychle, přesně a přesně., Technologie má tři hlavní kroky: za prvé, získání genomické DNA, druhá je získání fragmentu genu 16S rRNA a nakonec analýza genové sekvence 16S rRNA.

16S rRNA sekvenční analýza

základní princip 16S rRNA sekvenční analýzy techniky je získat 16S rRNA sekvenční informace z 16S?, RRNA genu fragment v mikroorganismu vzorku pomocí klonování, sekvenování nebo enzym řezání a sondy hybridizace, a pak ve srovnání s posloupností dat či jiných údajů v 16S rRNA databáze k určení jeho postavení v evolučním stromu, tedy identifikace možných vzorků. Druhy mikrobů, které existují.,

16S rRNA genu, detekce

typy 16S rRNA sekvence analýzy

metoda analýzy 16S rRNA genu fragment zahrnuje hlavně tyto 3 druhy:

(1) Sekvenování PCR produktů na plasmidu vektor a porovnání s sekvence 16S rRNA databáze k určení jeho postavení v evolučním stromu a identifikaci možných druhů mikroorganismů ve vzorku., Informace získané touto metodou jsou nejkomplexnější, ale ve vzorovém komplexním sekvenování vyžaduje rozsáhlé sekvenování.

(2) hybridizují produkty PCR se specifickými sondami 16S rRNA pro získání informací o mikrobiálním složení. Kromě toho může být sonda přímo detekována hybridizací in situ se vzorkem. In situ hybridizace může nejen určit morfologické vlastnosti a hojnost mikrobů, ale také analyzovat jejich prostorové rozložení.

(3) byla provedena restrikční analýza délky fragmentu polymorfismu PCR produktů., Na ribóza typ mikroorganismu genu byla stanovena pozorováním enzym snížit elektroforéza atlas a numerická analýza, a pak ve srovnání s údaji v ribozomu knihovna, a vztah mezi mikrobiální složení vzorků a druhů různých mikroorganismů byla analyzována.

aplikace 16S rRNA

16S rRNA je nejkonzervativnějším genem pro všechny bakterie a některé z nejkonzervativnějších genů v evolučním procesu. Některé genové sekvence zůstávají stabilní v dlouhém průběhu evoluce., Kromě toho, na základě více kopií bakteriálních chromozomů, založených na genu 16S rRNA, jsou stanoveny PCR, vnořené PCR, vícenásobné semi vnořené PCR, RT-PCR a oligosacharidy. Nukleotidové sondy byly aplikovány na identifikaci klinických bakterií, sekvenční analýzu, molekulární klasifikaci bakterií a fylogenetickou analýzu.

budoucnost 16S rRNA

ribozomální rRNA je nezbytná pro přežití všech živých věcí. 16 s rRNA je vysoce konzervován v evolučním procesu bakterií a dalších mikroorganismů., Nazývá se“ molekulární fosilie “ bakterií. Současně je jeho konzervatismus relativní. Mezi konzervativními oblastmi je 9 až 10 variačních oblastí (v1 ~ v10). Existují různé stupně rozdíl v rodin, rodů a druhů různých bakterií, takže 16S rRNA může být použit jako jak To je označení pro bakteriální klasifikace a mohou být využity jako cílové molekuly pro detekci a identifikaci klinických patogeny., PCR z bakteriálních ribosomů 16S rRNA genu jako cílová molekula může posoudit existenci bakteriální infekce brzy a určit druh patogenu do další analýzy amplifikované produkty a make-up pro výše uvedené nedostatky. Je to důležité porušení v diagnostice infekčních onemocnění a stala se hlavním bakteriologů doma i v zahraničí. Jeden ze směrů je třeba studovat.

Napsat komentář

Vaše e-mailová adresa nebude zveřejněna. Vyžadované informace jsou označeny *