CD Genomics Blog (Dansk)

Hvad er 16S rRNA

16S rRNA (16S ribosomal RNA), er en komponent i den prokaryote ribosom 30S underenhed. “S” i 16 ‘ erne er en sedimentationskoefficient, det vil sige et indeks, der afspejler den nedadgående hastighed af makromolekylet i centrifugalfeltet. Jo højere værdien er, desto større er molekylet. 16S rRNA-genet er DNA-sekvensen svarende til rRNA, der koder for bakterier, som findes i genomet til alle bakterier. 16S rRNA er stærkt bevaret og specifik, og gensekvensen er lang nok.,

De tegn af 16S rRNA ‘et

16S rRNA’ et er et ribosom RNA, der er nødvendige for syntese af alle prokaryote proteiner og har følgende egenskaber:

Flere kopier

Hver bakterie indeholder 5~10 eksemplarer af 16S rRNA ‘ et, som gør registreringsfølsomhed meget.

Multi information

den interne struktur af 16S rRNA gen er sammensat af variable regioner og bevarede regioner., Det bevarede område deles af alle bakterier, og de variable regioner har forskellige grader af forskel mellem de forskellige bakterier, med specificiteten af slægten eller arten, og de variable regioner og de konservative områder er sammenflettet. Derfor kan de universelle primere af forskellige bakterier designes i henhold til det konservative område, og specifikke primere eller prober af specifikke bakterier kan designes i henhold til det variable område. De interspecifikke forskelle i oplysningerne i de variable regioner i 16S rRNA gør detekteringen specifik.,

længden er moderat

længden af 16S rRNA-kodende gen er om 1500bp, som indeholder omkring 50 funktionelle domæner.

funktionerne af 16S rRNA

16S rRNA har en række funktioner:

the immobiliseringen af ribosomale proteiner virker som stilladser.

33 ‘ end indeholder en omvendt SD-sekvens, der bruges til at binde til AUG-initieringskodonet for mRNA. Kombinationen af 16S rRNA ‘s 3’ end med S1 og S21 viste sig at være relateret til initieringen af proteinsyntese.

③ det interagerer med 23S for at hjælpe med at integrere to ribosomenheder., (50S+30S)

16S rRNA gendetektion

Med fremkomsten af PCR-teknologi og den kontinuerlige forbedring af nukleinsyreforskningsteknologi er 16S rRNA gendetekteringsteknologi blevet et kraftfuldt værktøj til patogenpåvisning og identifikation. Med den løbende forbedring af databasen, teknologien kan anvendes til at klassificere, identificere, og detektere patogener hurtigt, præcist, og præcist., Teknologien har tre hovedtrin: for det første erhvervelsen af genomisk DNA, det andet er erhvervelsen af 16S rRNA-genfragmentet og til sidst analysen af 16S rRNA-gensekvensen.

16S rRNA sekvens analyse

det grundlæggende princip i 16S rRNA sekvens analyse teknik er at opnå 16S rRNA sekvens information fra 16S?, RRNA-genfragment i mikroorganismeprøven ved kloning, sekventering eller en .ymskæring og sondehybridisering og derefter sammenligning med sekvensdataene eller andre data i 16S rRNA-databasen for at bestemme dens position i det evolutionære træ og således identificere de mulige prøver. De arter af mikrober, der findes.,

16S rRNA genet opdagelse

De typer af 16S rRNA sekvensen analyse

Den analyse metode af 16S rRNA ‘ gen-fragment, der hovedsageligt omfatter følgende 3 typer:

(1) Sekventering, PCR-produkter på plasmid vektor-og sammenligne med sekvensen af 16S rRNA-database til at bestemme sin position i det evolutionære træ, og identificere de mulige arter af mikroorganismer i prøven., Oplysningerne opnået ved denne metode er den mest omfattende, men i prøven kræver kompleks sekventering omfattende sekventering.

(2) hybridiserer PCR-produkterne med 16S rRNA-specifikke prober for at opnå information om mikrobiel sammensætning. Derudover kan sonden detekteres direkte ved in situ-hybridisering med prøven. In situ hybridisering kan ikke kun bestemme de morfologiske egenskaber og overflod af mikrober, men også analysere deres rumlige fordeling.

(3) restriktionsfragmentlængdepolymorfismeanalysen af PCR-produkter blev udført., Ribose type mikroorganisme gen var bestemmes ved at observere enzymet skære elektroforese atlas og numerisk analyse, og derefter sammenlignet med data i ribosomets bibliotek, og forholdet mellem den mikrobielle sammensætning af prøver og arter af forskellige mikroorganismer blev analyseret.

anvendelse af 16S rRNA

16S rRNA er det mest konservative gen for alle bakterier og nogle af de mest konservative gener i den evolutionære proces. Nogle af gensekvenserne forbliver stabile i det lange forløb af evolutionen., Derudover etableres PCR, indlejret PCR, multiple semi-indlejrede PCR, RT-PCR og oligosaccharider baseret på de flere kopier af bakteriekromosomerne, baseret på 16S rRNA-genet. Nukleotidprober er blevet anvendt til identifikation af kliniske bakterier, sekvensanalyse, molekylær klassificering af bakterier og fylogenetisk analyse.

fremtiden for 16S rRNA

Ribosomal rRNA er afgørende for overlevelsen af alle levende ting. 16 S rRNA er stærkt bevaret i den evolutionære proces af bakterier og andre mikroorganismer., Det kaldes “den molekylære fossil” af bakterier. Samtidig er dens konservatisme relativ. Der er 9 til 10 variationsregioner (v1 ~ V10) mellem de konservative områder. Der er forskellige grader af forskel i familier, slægter og arter af forskellige bakterier, så 16S rRNA ‘ et kan bruges som begge er en markør for bakteriel klassificering og kan bruges som en target-molekyle til påvisning og identifikation af kliniske patogener., PCR af det bakterielle ribosom 16S rRNA-gen som målmolekylet kan bedømme eksistensen af bakteriel infektion tidligt og identificere arten af patogenet ved yderligere analyse af de amplificerede produkter og kompensere for de ovennævnte mangler. Det er et vigtigt brud i diagnosticering af infektionssygdomme og er blevet den vigtigste af bakteriologer i ind-og udland. En af vejledningen er at blive undersøgt.

Skriv et svar

Din e-mailadresse vil ikke blive publiceret. Krævede felter er markeret med *