CD Genomiikka Blogi

Mikä on 16S rRNA

16S rRNA (16S ribosomaalisen RNA: ta), on osa prokaryoottiset ribosomin 30S-alayksikköön. ”S” 16 on sedimentaatio kerroin, että on, indeksi heijastaa alaspäin nopeus makromolekyylejä vuonna keskipakoisvoiman alalla. Mitä suurempi arvo, sitä suurempi molekyyli. 16S rRNA-geeni on rRNA-bakteeria koodaavaa DNA-sekvenssiä vastaava DNA-sekvenssi, joka on olemassa kaikkien bakteerien genomissa. 16s rRNA on hyvin säilytetty ja spesifinen, ja geenijakso on riittävän pitkä.,

– merkkiä 16S rRNA

16S rRNA on ribosomaalisen RNA tarpeen synteesi kaikkia prokaryootteja proteiineja ja on seuraavat ominaisuudet:

Useita kopioita

Jokainen bakteeri, sisältää 5~10 kappaletta 16S rRNA, mikä tekee havaitsemisen herkkyys hyvin.

Multi information

16S rRNA-geenin sisäinen rakenne koostuu muuttuvista alueista ja säilyneistä alueista., Säilytetty alue on jaettu kaikki bakteerit, ja muuttuja-alueet on eriasteinen ero eri bakteerit, spesifisyys suvun tai lajin, ja muuttuja-alueita ja konservatiivinen alueet ovat lomitettu. Siksi universaaleja alukkeita eri bakteerit voivat olla suunniteltu mukaan konservatiivinen alueella, ja erityisiä alukkeet tai koettimet tietyt bakteerit voivat olla suunniteltu mukaan muuttuva alue. 16S rRNA: n muuttuvien alueiden sisältämien tietojen väliset erot tekevät havaitsemisesta erityisen.,

pituus on kohtalainen

pituus 16S rRNA-koodaus geeni on noin 1500bp, joka sisältää noin 50 toiminnallinen verkkotunnuksia.

toiminnot 16S rRNA

16S rRNA on useita toimintoja:

①The liikkumattomuus ribosomien proteiinit toimii rakennustelineet.

②3 ’ End sisältää käänteisen SD-sekvenssin, jota käytetään sitoutumaan mRNA: n AUG-aloituskoodoniin. 16S rRNA ’S 3’ Endin ja S1: n ja S21: n yhdistelmän todettiin liittyvän proteiinisynteesin aloittamiseen.

③ se vuorovaikutuksessa 23S auttaa integroimaan kaksi ribosomi yksikköä., (50+30S)

16S rRNA-geenin havaitseminen

syntyminen PCR-tekniikka ja jatkuva parantaminen nukleiinihappo tutkimus -, teknologia -, 16S rRNA-geenin havaitseminen tekniikka on tullut tehokas työkalu taudinaiheuttajan havaitsemiseksi ja tunnistamiseksi. Tietokannan jatkuvan parantamisen avulla teknologiaa voidaan käyttää patogeenien luokitteluun, tunnistamiseen ja havaitsemiseen nopeasti, tarkasti ja tarkasti., Teknologia on kolme vaihetta: ensinnäkin, hankinta genomista DNA: ta, toinen on hankinta 16S rRNA-geenin fragmentti, ja lopulta analyysi 16S rRNA-geenin sekvenssiä.

16S rRNA sekvenssi analyysi

perusperiaate 16S rRNA sekvenssi analyysi tekniikka on saada 16S rRNA sekvenssi tietoja 16S?, RRNA-geenin fragmentti mikro-organismi näyte kloonaamalla, sekvensointi tai entsyymi leikkaus ja koettimen hybridisaatio, ja sitten verrataan järjestyksessä tietoja tai muita tietoja 16S rRNA-tietokanta määrittää sen asema evoluution puussa, näin tunnistetaan mahdolliset näytteet. Olemassa olevat mikrobilajit.,

16S rRNA-geenin havaitseminen

tyypit 16S rRNA sekvenssi analyysi

analyysi menetelmä 16S rRNA-geenin fragmentti, lähinnä sisältää seuraavat 3 erilaista:

(1) Sekvensointi-PCR-tuotteiden plasmidivektoriin ja vertaamalla järjestyksessä 16S rRNA-tietokanta määrittää sen asema evolutiivisen puun ja tunnistaa mahdollisia lajeja mikro-näyte., Tällä menetelmällä saadut tiedot ovat kattavimpia, mutta näytteessä monimutkainen sekvensointi vaatii laajaa sekvensointia.

(2) Hybridisoitua PCR-tuotteita, joiden 16S rRNA erityisiä antureista saadaan mikrobien koostumus ja tiedot. Lisäksi luotain voidaan havaita suoraan In situ-hybridisaatiolla näytteen kanssa. In situ hybridisaatio voi määrittää vain morfologiset ominaisuudet ja runsaasti mikrobeja, mutta myös analysoida niiden alueellinen jakautuminen.

(3) PCR-tuotteiden restriktiofragmenttipituuspolymorfismianalyysi tehtiin., Riboosi-tyyppinen mikro-organismin geeni määritettiin tarkkailemalla entsyymi leikkaa elektroforeesi atlas ja numeerinen analyysi, ja sitten verrataan tietoja ribosomin kirjasto, ja suhde mikrobien koostumus näytteiden ja lajien eri mikro-organismeja analysoitiin.

Sovellus 16S rRNA

16S rRNA on kaikkein konservatiivinen geeni kaikki bakteerit, ja jotkut kaikkein konservatiivinen geenejä evoluution prosessi. Osa geenisekvensseistä pysyy vakaana evoluution pitkällä radalla., Lisäksi, joka perustuu useita kopioita bakteeri-kromosomia, joka perustuu 16S rRNA-geeni, PCR sisäkkäiset PCR, useita semi-nested-PCR, RT-PCR, ja oligosakkaridit ovat sijoittautuneet. Nukleotidin antureista on sovellettu tunnistaminen kliinisen bakteerit, sekvenssi analyysi, molekyyli-luokittelu bakteerit, ja fylogeneettinen analyysi.

16S rRNA: n tulevaisuus

ribosomaalinen rRNA on olennaisen tärkeä kaikkien elollisten selviytymisen kannalta. 16 S rRNA säilyy hyvin bakteerien ja muiden mikro-organismien evoluutioprosessissa., Sitä kutsutaan bakteerien ”molekyylifossiiliksi”. Samalla sen konservatismi on suhteellista. Konservatiivisten alueiden välillä on 9-10 variaatioaluetta (V1 ~ V10). On olemassa eri asteita ero perheiden, sukujen ja lajien eri bakteereja, joten 16S rRNA voidaan käyttää sekä Se on merkki bakteerien luokittelu ja voidaan käyttää target molecule for havaitseminen ja tunnistaminen kliinisen taudinaiheuttajia., PCR-bakteerien ribosomin 16S rRNA-geenin kuin kohde-molekyyli voi arvioida olemassaolon bakteeri-infektio varhain ja tunnistaa lajin taudinaiheuttaja, jonka tarkempi analyysi amplified-tuotteita ja muodostavat edellä mainitut puutteet. Se on merkittävä rikkomus tartuntatautien diagnosoinnissa ja siitä on tullut bakteriologien päämies kotimaassa ja ulkomailla. Yksi ohjeista on tutkia.

Vastaa

Sähköpostiosoitettasi ei julkaista. Pakolliset kentät on merkitty *