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Qu’est-ce que l’ARNr 16S

l’ARNr 16S (ARN ribosomique 16S), est un composant de la sous-unité 30S du ribosome procaryote. Le” S  » en 16S est un coefficient de sédimentation, c’est-à-dire un indice reflétant la vitesse descendante de la macromolécule dans le champ centrifuge. Plus la valeur est élevée, plus la molécule. Le gène de l’ARNr 16S est la séquence D’ADN correspondant à l’ARNr codant les bactéries, qui existe dans le génome de toutes les bactéries. L’ARNr 16S est hautement conservé et spécifique, et la séquence génique est assez longue.,

les caractères de l’ARNr 16S

l’ARNr 16S est un ARN ribosomique nécessaire à la synthèse de toutes les protéines procaryotes et présente les caractéristiques suivantes:

copies multiples

chaque bactérie contient 5~10 copies de l’ARNr 16S, ce qui rend la sensibilité de détection

multi information

la structure interne du gène ARNr 16S est composée de régions variables et de régions conservées., La zone conservée est partagée par toutes les bactéries, et les régions variables ont différents degrés de différence entre les différentes bactéries, avec la spécificité du genre ou de l’espèce, et les régions variables et les zones conservatrices sont entrelacées. Par conséquent, les amorces universelles de diverses bactéries peuvent être conçues en fonction de la zone conservatrice, et des amorces ou des sondes spécifiques de bactéries spécifiques peuvent être conçues en fonction de la zone variable. Les différences interspécifiques des informations contenues dans les régions variables de l’ARNr 16S rendent la détection spécifique.,

La longueur est modérée

La longueur du gène codant l’arnr 16S est d’environ 1500bp, qui contient environ de 50 domaines fonctionnels.

Les fonctions de l’arnr 16S

d’arnr 16S a un certain nombre de fonctions:

①The immobilisation des protéines ribosomales agit comme un échafaudage.

②3’end contient une séquence SD inverse qui est utilisée pour se lier au codon D’initiation AUG de l’ARNm. La combinaison de 3’end de l’ARNr 16S avec S1 et S21 s’est avérée être liée à l’initiation de la synthèse des protéines.

③ il interagit avec 23S pour aider à intégrer deux unités de ribosome., (50S+30S)

Détection du gène de l’ARNr 16S

avec l’émergence de la technologie de PCR et l’amélioration continue de la technologie de recherche sur les acides nucléiques, la technologie de détection du gène de l’ARNr 16S est devenue un outil puissant pour la détection et l’identification des agents pathogènes. Grâce à l’amélioration continue de la base de données, la technologie peut être appliquée pour classer, identifier et détecter les agents pathogènes rapidement, avec précision et précision., La technologie a trois étapes principales: d’abord, l’acquisition de l’ADN génomique, la deuxième est l’acquisition de l’arnr 16S fragment, et enfin l’analyse de la séquence du gène d’arnr 16S.

analyse de séquence d’ARNr 16S

le principe de base de la technique d’analyse de séquence d’ARNr 16S est d’obtenir les informations de séquence d’ARNr 16S à partir du 16S?, Fragment de gène D’ARNr dans l’échantillon de micro-organisme par clonage, séquençage ou Coupe enzymatique et hybridation de sonde, puis comparaison avec les données de séquence ou d’autres données dans la base de données d’ARNr 16S pour déterminer sa position dans l’arbre évolutif, identifiant ainsi les échantillons possibles. Les espèces de microbes qui existent.,

détection de gène d’ARNr 16S

les types d’analyse de séquence d’ARNr 16S

la méthode D’analyse du fragment de gène d’ARNr 16S comprend principalement les 3 types suivants:

(1) séquençage des produits vecteur plasmidique et en comparant avec la séquence dans la base de données de l’ARNr 16S pour déterminer sa position dans l’arbre évolutif et identifier les espèces possibles de micro-organismes dans l’échantillon., Les informations obtenues par cette méthode sont les plus complètes, mais dans l’échantillon, le séquençage complexe nécessite un séquençage étendu.

(2) hybrider les produits de PCR avec des sondes spécifiques à l’ARNr 16S pour obtenir des informations sur la composition microbienne. De plus, la sonde peut être directement détectée par hybridation in situ avec l’échantillon. L’hybridation In situ peut non seulement déterminer les caractéristiques morphologiques et l’abondance des microbes, mais aussi analyser leur distribution spatiale.

(3) l’analyse de polymorphisme de longueur de fragment de restriction des produits PCR a été réalisée., Le type de gène de micro-organisme ribose a été déterminé en observant l’Atlas d’électrophorèse enzymatique coupée et l’analyse numérique, puis comparé aux données de la bibliothèque de ribosomes, et la relation entre la composition microbienne des échantillons et les espèces de différents micro-organismes a été analysée.

Application de l’ARNr 16S

l’ARNr 16S est le gène le plus conservateur pour toutes les bactéries, et certains des gènes les plus conservateurs dans le processus évolutif. Certaines séquences de gènes restent stables au long cours de l’évolution., En outre, sur la base des multiples copies des chromosomes bactériens, sur la base du gène de l’ARNr 16S, la PCR, la PCR imbriquée, la PCR semi-imbriquée multiple, la RT-PCR et les oligosaccharides sont établis. Les sondes nucléotidiques ont été appliquées à l’identification des bactéries cliniques, à l’analyse des séquences, à la classification moléculaire des bactéries et à l’analyse phylogénétique.

L’avenir de l’arnr 16S

Ribosomique (arnr est essentiel pour la survie de tous les êtres vivants. L’ARNr 16 S est hautement conservé dans le processus évolutif des bactéries et autres microorganismes., On l’appelle « le fossile moléculaire » des bactéries. En même temps, son conservatisme est relatif. Il y a 9 à 10 régions de variation (V1 ~ V10) entre les zones conservatrices. Il existe différents degrés de différence dans les familles, les genres et les espèces de bactéries différentes, de sorte que l’ARNr 16S peut être utilisé à la fois comme marqueur pour la classification bactérienne et comme molécule cible pour la détection et l’identification des agents pathogènes cliniques., La PCR du gène rRNA du ribosome bactérien 16S en tant que molécule cible peut juger de l’existence d’une infection bactérienne tôt et identifier l’espèce de l’agent pathogène par une analyse plus approfondie des produits amplifiés et compenser les carences ci-dessus. C’est une violation importante dans le diagnostic des maladies infectieuses et est devenu le principal des bactériologistes au pays et à l’étranger. L’une des directions est à l’étude.

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