CD Genomics Blogg

Hva er 16S rRNA

16S rRNA (16S ribosom-RNA), er en del av prokaryotic ribosomet 30-ÅRENE subunit. «S» i 16S er en sedimentering-koeffisienten, som er en indeks som reflekterer den nedadgående hastigheten av macromolecule i sentrifugal-feltet. Jo høyere verdi, jo større molekyl. 16S rRNA-genet er den DNA-sekvens som tilsvarer rRNA-koding bakterier som finnes i genomet av alle bakterier. 16S rRNA er svært bevart og bestemt, og den genetiske sekvensen er lang nok.,

tegn av 16S rRNA –

– >

16S rRNA er et ribosom-RNA som er nødvendig for syntesen av alle prokaryotic proteiner, og har følgende egenskaper:

Flere kopier

Hver bakterie som inneholder 5~10 kopier av 16S rRNA, noe som gjør det deteksjon følsomhet høyt.

Flere opplysninger

Den interne strukturen av 16S rRNA-genet er sammensatt av variable regioner og konserverte regioner., Det bevarte området er delt av alle bakterier, og den variable regioner ha ulike grader av forskjell mellom de forskjellige bakterier, med spesifisiteten av slekten eller arter, og den variable regioner og de konservative områder er interlaced. Derfor, den universelle primere av ulike bakterier kan være utformet i henhold til de konservative området, og spesifikke primere eller sonder av spesifikke bakterier kan være utformet i henhold til den variable området. Den interspecific forskjeller av informasjonen som finnes i variabel regioner av 16S rRNA gjøre påvisning bestemt.,

lengden er moderat

lengden av 16S rRNA-koding gen er om 1500bp, som inneholder ca 50 funksjonelle domener.

funksjoner av 16S rRNA –

– >

16S rRNA har en rekke funksjoner:

①The immobilisering av ribosom proteiner fungerer som stillas.

②3’end inneholder en omvendt SD-sekvens som er brukt til å binde seg til den AUG initiation codon av mRNA. Kombinasjonen av 16S rRNA-3’end med S1 og S21 ble funnet til å være knyttet til initiering av protein syntese.

③ Det er i samspill med 23S å bidra til å integrere to ribosomet enheter., (50+30)

16S rRNA-genet deteksjon

Med fremveksten av PCR-teknologi og kontinuerlig forbedring av nukleinsyre forskning teknologi, 16S rRNA-genet detection-teknologi har blitt et kraftig verktøy for patogen gjenkjenning og identifisering. Med kontinuerlig forbedring av database teknologi kan brukes for å klassifisere, identifisere og gjenkjenne patogener raskt, nøyaktig og presist., Teknologien har tre hovedtrinn: for det første, kjøp av genomisk DNA, den andre er oppkjøpet av 16S rRNA-genet fragment, og endelig analyse av 16S rRNA-genet rekkefølge.

16S rRNA sekvens analyse

Det grunnleggende prinsippet av 16S rRNA sekvens analyse teknikk er å få 16S rRNA sekvens informasjon fra 16S?, RRNA-genet fragment i mikroorganismen eksempel ved kloning, sekvensering eller enzym skjæring og probe hybridisering, og deretter sammenligne med sekvensen data eller andre data i 16S rRNA-database for å bestemme sin posisjon i den evolusjonære treet, og dermed identifisere mulige eksempler. Arter av mikrober som finnes.,

16S rRNA-genet deteksjon

typer av 16S rRNA sekvens analyse

analyse-metode av 16S rRNA-genet fragment omfatter i hovedsak følgende 3 typer:

(1) Sekvensering av PCR-produkter på plasmider vektor og sammenligne med sekvensen i 16S rRNA-database for å bestemme sin posisjon i den evolusjonære treet og identifisere mulige arter av mikroorganismen i utvalget., Informasjon innhentet ved denne metoden er den mest omfattende, men i utvalget Komplekse sekvensering krever omfattende sekvensering.

(2) Hybridiserer PCR-produkter med 16S rRNA spesifikke prober for å få mikrobiell sammensetning informasjon. I tillegg sonden kan være direkte oppdaget av in situ hybridisering med prøven. In situ hybridisering kan ikke bare bestemme morfologiske kjennetegn og overflod av mikrober, men også analysere deres romlige fordeling.

(3) restriction fragment length polymorphism analyse av PCR-produkter ble gjennomført., Den ribose type mikroorganismen genet ble bestemt ved at enzymet kutter elektroforese atlas og numerisk analyse, og deretter sammenlignet med data i ribosomet bibliotek, og forholdet mellom det mikrobielle sammensetning av prøvene og arter av ulike mikroorganismer ble analysert.

Anvendelse av 16S rRNA –

– >

16S rRNA er den mest konservative genet for alle bakterier, og noen av de mest konservative gener i den evolusjonære prosess. Noen av gensekvenser forbli stabil i det lange løpet av evolusjonen., I tillegg, basert på flere kopier av de bakterielle kromosomene, basert på 16S rRNA-genet, PCR, nestede PCR, flere semi nestede PCR, RT-PCR, og oligosakkarider er etablert. Nukleotid sonder har blitt brukt til identifisering av kliniske bakterier, sekvens analyse, molekylær klassifisering av bakterier, og fylogenetisk analyse.

fremtiden av 16S rRNA –

– >

Ribosom-rRNA er avgjørende for overlevelsen av alle levende ting. 16 S-rRNA er svært bevart i den evolusjonære prosessen av bakterier og andre mikroorganismer., Det kalles «den molekylære fossil» av bakterier. På samme tid, sin konservatisme er relativ. Det er 9 10 variasjon regioner (V1 ~ V10) mellom den konservative områder. Det er forskjellige grader av forskjell i familier, slekter og arter av ulike bakterier, slik 16S rRNA kan brukes både som Det er en markør for bakteriell klassifisering og kan brukes som et mål molekyl for påvisning og identifisering av kliniske patogener., PCR av bakterielle ribosomet 16S rRNA-genet som målmolekylet kan dømme eksistensen av bakteriell infeksjon tidlig og identifisere arter av organismen ved videre analyse av de amplifiserte produkter og gjøre opp for seg ovenfor mangler. Det er et viktig brudd i diagnostikk av smittsomme sykdommer, og har blitt den viktigste av bacteriologists hjemme og i utlandet. En av retningene er å bli studert.

Legg igjen en kommentar

Din e-postadresse vil ikke bli publisert. Obligatoriske felt er merket med *