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o Que é o 16S rRNA

16S rRNA (16S do RNA ribossomal), é um componente do procariontes ribossomo subunidade 30S. O ” S ” em 16S é um coeficiente de sedimentação, ou seja, um índice que reflete a velocidade descendente da macromolécula no campo centrífugo. Quanto maior o valor, maior a molécula. O gene rRNA 16S é a sequência de DNA correspondente à bactéria que codifica rRNA, que existe no genoma de todas as bactérias. 16S rRNA é altamente conservada e específica, e a sequência genética é longa o suficiente.,

Os caracteres de rRNA 16S

O 16S rRNA é um RNA ribossómico necessário para a síntese de todos os procariontes proteínas e tem as seguintes características:

Várias cópias

Cada bactéria contém 5~10 cópias de rRNA 16S, o que faz com que a sensibilidade de detecção altamente.

informação múltipla

A estrutura interna do gene rRNA 16S é composta por regiões variáveis e regiões conservadas., A área conservada é compartilhada por todas as bactérias, e as regiões variáveis têm diferentes graus de diferença entre as diferentes bactérias, com a especificidade do gênero ou espécie, e as regiões variáveis e as áreas conservadoras são entrelaçadas. Portanto, os primers universais de várias bactérias podem ser projetados de acordo com a área conservadora, e primers específicos ou sondas de bactérias específicas podem ser projetados de acordo com a área variável. As diferenças interespecíficas da informação contida nas regiões variáveis de 16S rRNA tornam a detecção específica.,

O comprimento é moderado

O comprimento de 16S gene de codificação rRNA é de cerca de 1500bp, que contém cerca de 50 domínios funcionais.

as funções de 16S rRNA

16S rRNA tem uma série de funções:

the a imobilização das proteínas ribossómicas actua como andaime.

②3 ‘ end contém uma sequência SD reversa que é usada para se ligar ao códão de iniciação de Ago do ARNm. Verificou-se que a combinação do 3’end do rRNA 16S com o S1 e o S21 estava relacionada com o início da síntese proteica.interage com 23S para ajudar a integrar duas unidades ribossomas., (50S+30S)

16S detecção de genes rRNA

com o aparecimento da tecnologia PCR e a melhoria contínua da tecnologia de investigação de ácidos nucleicos, a tecnologia de detecção de genes rRNA 16S tornou-se uma poderosa ferramenta para a detecção e identificação de agentes patogénicos. Com a melhoria contínua do banco de dados, a tecnologia pode ser aplicada para classificar, identificar e detectar patógenos de forma rápida, precisa e precisa., A tecnologia tem três etapas principais: primeiro, a aquisição do DNA genômico, o segundo é a aquisição do fragmento do gene rRNA 16S, e finalmente a análise da sequência do gene rRNA 16S.

16S rRNA sequence analysis

the basic principle of the 16S rRNA sequence analysis technique is to obtain the 16S rRNA sequence information from the 16S?, Fragmento do gene RRNA na amostra de microorganismo por clonagem, sequenciação ou corte enzimático e hibridização de sonda, e então comparando com os dados de sequência ou outros dados no banco de dados rRNA 16S para determinar sua posição na árvore evolucionária, identificando assim as possíveis amostras. As espécies de micróbios que existem.,

16S rRNA gene de detecção

Os tipos de rRNA 16S de análise de sequência

O método de análise do gene 16S rRNA fragmento, principalmente, inclui as seguintes 3 tipos:

(1) Sequenciar os produtos de PCR no vetor plasmidial e comparando com a seqüência de rRNA 16S de banco de dados para determinar a sua posição na árvore evolutiva e identificar possíveis espécies de microrganismos na amostra., A informação obtida por este método é a mais abrangente, mas na sequenciação complexa da amostra requer uma sequenciação extensa.

(2) hibridizar os produtos PCR com sondas específicas 16S rRNA para obter informação sobre a composição microbiana. Além disso, a sonda pode ser detectada diretamente por hibridização in situ com a amostra. A hibridização in situ não só pode determinar as características morfológicas e a abundância de micróbios, mas também analisar a sua distribuição espacial.

(3) a análise do polimorfismo do comprimento dos fragmentos de restrição dos produtos PCR foi realizada., O tipo de ribose do gene do microorganismo foi determinado pela observação do atlas de eletroforese cortado enzimático e análise numérica, e então comparado com os dados da biblioteca ribossoma, e a relação entre a composição microbiana das amostras e as espécies de diferentes microorganismos foi analisada.

A aplicação de 16S rRNA

16S rRNA é o gene mais conservador para todas as bactérias, e alguns dos genes mais conservadores no processo evolutivo. Algumas das sequências genéticas permanecem estáveis no longo curso da evolução., Além disso, com base nas múltiplas cópias dos cromossomas bacterianos, com base no gene rRNA 16S, a PCR, PCR aninhada, PCR múltipla semi-aninhada, RT-PCR e oligossacáridos são estabelecidos. As sondas nucleotídicas foram aplicadas à identificação de bactérias clínicas, análise de sequências, classificação molecular de bactérias e análise filogenética.o futuro de 16S rRNA ribossomal rRNA é essencial para a sobrevivência de todos os seres vivos. 16 s rRNA é altamente conservada no processo evolutivo de bactérias e outros microorganismos., É chamado de “o fóssil molecular” das bactérias. Ao mesmo tempo, seu conservadorismo é relativo. Existem 9 a 10 regiões de variação (V1 ~ V10) entre as áreas conservadoras. Existem diferentes graus de diferença nas famílias, gêneros e espécies de diferentes bactérias, então 16S rRNA pode ser usado como um marcador para classificação bacteriana e pode ser usado como uma molécula alvo para detecção e identificação de patógenos clínicos., A PCR do ribossoma bacteriano 16S rRNA gene como a molécula-alvo pode julgar a existência de infecção bacteriana precoce e identificar a espécie do patógeno pela continuação da análise dos produtos amplificados e compensar as deficiências acima. Trata-se de uma violação importante do diagnóstico de doenças infecciosas e tornou-se o principal dos bacteriologistas no país e no estrangeiro. Uma das direções deve ser estudada.

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