CD Genomics Blog (Română)

Ce este ARNr 16S

16S ARNr (ARN ribozomal 16S), este o componentă a subunității ribozomului procariot 30S. „S” din 16S este un coeficient de sedimentare, adică un indice care reflectă viteza descendentă a macromoleculei în câmpul centrifugal. Cu cât este mai mare valoarea, cu atât este mai mare molecula. Gena 16S rRNA este secvența ADN corespunzătoare bacteriilor care codifică rRNA, care există în genomul tuturor bacteriilor. 16S rRNA este foarte conservată și specifică, iar secvența genei este suficient de lungă.,

personajele din 16S arnr

pentru arnr 16S este un ARN-ul ribozomal este necesar pentru sinteza de toate procariote proteine și are următoarele caracteristici:

mai Multe exemplare,

Fiecare bacterie conține 5~10 exemplare pentru arnr 16S, ceea ce face ca sensibilitatea de detectare extrem.structura internă a genei ARNr 16S este compusă din regiuni variabile și regiuni conservate., Zona conservată este împărtășită de toate bacteriile, iar regiunile variabile au grade diferite de diferență între diferitele bacterii, cu specificitatea genului sau speciei, iar regiunile variabile și zonele conservatoare sunt intercalate. Prin urmare, primerii universali ai diferitelor bacterii pot fi proiectați în funcție de zona conservatoare, iar primerii sau sondele specifice ale bacteriilor specifice pot fi proiectate în funcție de zona variabilă. Diferențele interspecifice ale informațiilor conținute în regiunile variabile ale ARNr 16S fac ca detectarea să fie specifică.,lungimea genei de codificare 16S rRNA este de aproximativ 1500bp, care conține aproximativ 50 de domenii funcționale.

funcțiile rRNA 16S

rRNA 16S are o serie de funcții:

① imobilizarea proteinelor ribozomale acționează ca schele.②3 ‘ end conține o secvență SD inversă care este utilizată pentru a se lega de codonul de inițiere AUG al ARNm. S-a constatat că asocierea 3 ‘ end a ARNr 16S cu S1 și S21 este legată de inițierea sintezei proteinelor.③ interacționează cu 23S pentru a ajuta la integrarea a două unități ribozomale., (50s+30S)

16S detectarea genei rRNA

odată cu apariția tehnologiei PCR și îmbunătățirea continuă a tehnologiei de cercetare a acidului nucleic, tehnologia de detectare a genelor rRNA 16S a devenit un instrument puternic pentru detectarea și identificarea agenților patogeni. Odată cu îmbunătățirea continuă a bazei de date, tehnologia poate fi aplicată pentru a clasifica, identifica și detecta agenții patogeni rapid, precis și precis., Tehnologia are trei etape principale: în primul rând, achiziționarea ADN-ului genomic, al doilea este achiziționarea fragmentului genei rRNA 16S și, în final, analiza secvenței genei rRNA 16S.

16S analiza secvenței rRNA

principiul de bază al tehnicii de analiză a secvenței rRNA 16S este de a obține informațiile secvenței rRNA 16S de la 16S?, Fragmentul genei RRNA în proba de microorganisme prin clonare, secvențiere sau tăiere enzimatică și hibridizare a sondei și apoi compararea cu datele de secvență sau alte date din baza de date rRNA 16S pentru a determina poziția sa în arborele evolutiv, identificând astfel posibilele probe. Speciile de microbi care există.,

genei pentru arnr 16S de detectare

tipuri de arnr 16S analiza secvenței

metoda De analiză a genei pentru arnr 16S fragment include în principal următoarele 3 tipuri:

(1) Secvențierea produșilor PCR pe vector plasmidic și compararea cu secvența în 16S arnr baza de date pentru a determina poziția în arborele evoluției și de a identifica posibile specii de microorganisme în eșantion., Informațiile obținute prin această metodă sunt cele mai cuprinzătoare, dar în secvențierea complexă a eșantionului necesită secvențiere extinsă.

(2) hibridizați produsele PCR cu sonde specifice rRNA 16S pentru a obține informații despre compoziția microbiană. În plus, sonda poate fi detectată direct prin hibridizarea in situ cu proba. Hibridizarea in situ nu numai că poate determina caracteristicile morfologice și abundența microbilor, ci și analiza distribuției lor spațiale.

(3) s-a efectuat analiza polimorfismului lungimii fragmentului de restricție a produselor PCR., Tipul de riboză a genei microorganismului a fost determinat prin observarea atlasului de electroforeză tăiat enzimatic și a analizei numerice și apoi comparat cu datele din biblioteca ribozomului și a fost analizată relația dintre compoziția microbiană a probelor și speciile diferitelor microorganisme.

aplicarea ARNr 16S

16S ARNr este gena cea mai conservatoare pentru toate bacteriile și unele dintre cele mai conservatoare gene în procesul evolutiv. Unele dintre secvențele genetice rămân stabile în cursul lung al evoluției., În plus, pe baza copiilor multiple ale cromozomilor bacterieni, pe baza genei rRNA 16S, se stabilesc PCR, PCR imbricat, PCR semi-imbricat multiplu, RT-PCR și oligozaharide. Sondele nucleotidice au fost aplicate pentru identificarea bacteriilor clinice, analiza secvenței, clasificarea moleculară a bacteriilor și analiza filogenetică.

viitorul ARNr 16S

ARNr ribozomal este esențial pentru supraviețuirea tuturor lucrurilor vii. 16 s rRNA este foarte conservată în procesul evolutiv al bacteriilor și al altor microorganisme., Se numește „fosila moleculară” a bacteriilor. În același timp, conservatorismul său este relativ. Există între 9 și 10 regiuni de variație (V1 ~ V10) între zonele conservatoare. Există diferite grade de diferență în familii, genuri și specii de bacterii diferite, astfel încât ARNr 16S poate fi utilizat atât ca marker pentru clasificarea bacteriană, cât și ca moleculă țintă pentru detectarea și identificarea agenților patogeni clinici., PCR-ul genei ribozomului bacterian 16S rRNA ca moleculă țintă poate judeca existența infecției bacteriene din timp și poate identifica speciile agentului patogen prin analiza ulterioară a produselor amplificate și poate compensa deficiențele de mai sus. Este o încălcare importantă în diagnosticul bolilor infecțioase și a devenit principalul bacteriologilor din țară și din străinătate. Una dintre direcții trebuie studiată.

Lasă un răspuns

Adresa ta de email nu va fi publicată. Câmpurile obligatorii sunt marcate cu *