CD Genomics blogg (Svenska)

vad är 16S rRNA

16S rRNA (16S ribosomal RNA), är en del av prokaryotisk ribosom 30S subenhet. ”S” i 16S är en sedimenteringskoefficient, det vill säga ett index som återspeglar makromolekylens nedåtgående hastighet i centrifugalfältet. Ju högre värde desto större är molekylen. 16S rRNA-genen är DNA-sekvensen som motsvarar rRNA-kodningsbakterier, som finns i genomet av alla bakterier. 16S rRNA är mycket bevarad och specifik, och gensekvensen är tillräckligt lång.,

tecknen på 16S rRNA

16S rRNA är ett ribosomalt RNA som är nödvändigt för syntesen av alla prokaryota proteiner och har följande egenskaper:

flera kopior

varje bakterie innehåller 5~10 kopior av 16S rRNA, vilket gör detekteringskänsligheten hög.

Multi information

den interna strukturen hos 16S rRNA-genen består av variabla regioner och konserverade regioner., Det bevarade området delas av alla bakterier, och de variabla regionerna har olika grader av skillnad mellan de olika bakterierna, med specificiteten hos släktet eller arten, och de variabla regionerna och de konservativa områdena är sammanflätade. Därför kan universella primers av olika bakterier utformas enligt det konservativa området, och specifika primers eller sonder av specifika bakterier kan utformas enligt variabelområdet. De interspecifika skillnaderna i informationen i de variabla regionerna 16S rRNA gör detekteringsspecifik.,

längden är måttlig

längden på 16S rRNA coding gene är ca 1500bp, som innehåller cirka 50 funktionella domäner.

funktionerna hos 16S rRNA

16S rRNA har ett antal funktioner:

immobilisering av ribosomala proteiner fungerar som byggnadsställningar.

paragraf 3 ’ End innehåller en omvänd SD-sekvens som används för att binda till AUG initiation codon av mRNA. Kombinationen av 16S rRNA 3 ’ End med S1 och S21 befanns vara relaterad till initieringen av proteinsyntes.

det interagerar med 23S för att hjälpa till att integrera två ribosomenheter., (50S+30S)

16S rRNA gendetektering

med uppkomsten av PCR-teknik och kontinuerlig förbättring av nukleinsyra forskningsteknik, 16S rRNA gendetekteringsteknik har blivit ett kraftfullt verktyg för patogen upptäckt och identifiering. Med den kontinuerliga förbättringen av databasen kan tekniken tillämpas för att klassificera, identifiera och upptäcka patogener snabbt, exakt och korrekt., Tekniken har tre huvudsteg: för det första förvärvet av genomiskt DNA, den andra är förvärvet av 16S rRNA-genfragmentet och slutligen analysen av 16S rRNA-gensekvensen.

16S rRNA sequence analysis

grundprincipen för 16s rRNA sequence analysis technique är att få 16S rRNA sequence information från 16S?, RRNA-genfragmentet i mikroorganismprovet genom kloning, sekvensering eller enzymskärning och sondhybridisering, och sedan jämföra med sekvensdata eller andra data i 16S rRNA-databasen för att bestämma sin position i det evolutionära trädet, vilket identifierar de möjliga proverna. De arter av mikrober som finns.,

16S rRNA-gendetektering

typerna av 16S rRNA-sekvensanalys

analysmetoden för 16s rRNA-genfragment innehåller huvudsakligen följande 3 typer:

(1) sekvensering av PCR-produkterna på plasmidvektorn och jämförelse med sekvensen i 16sverken.rRNA-databasen för att bestämma sin position i det evolutionära trädet och identifiera möjliga arter av mikroorganismer i provet., Den information som erhålls med denna metod är den mest omfattande, men i provkomplexet kräver sekvensering omfattande sekvensering.

(2) hybridisera PCR-produkterna med 16S rRNA-specifika sonder för att erhålla mikrobiell kompositionsinformation. Dessutom kan sonden detekteras direkt genom in situ-hybridisering med provet. In situ hybridisering kan inte bara bestämma morfologiska egenskaper och överflöd av mikrober, men också analysera deras rumsliga fördelning.

(3) restriktionsfragmentlängden polymorfism analys av PCR-produkter utfördes., Ribos typ av mikroorganism gen bestämdes genom att observera enzymet cut elektrofores atlas och numerisk analys, och jämfördes sedan med data i ribosombiblioteket, och sambandet mellan den mikrobiella sammansättningen av proverna och arten av olika mikroorganismer analyserades.

tillämpning av 16s rRNA

16S rRNA är den mest konservativa genen för alla bakterier, och några av de mest konservativa generna i den evolutionära processen. Några av gensekvenserna förblir stabila under evolutionens långa lopp., Dessutom, baserat på de flera kopiorna av bakteriekromosomerna, baserade på 16S rRNA-genen, PCR, kapslad PCR, flera halvkapslade PCR, RT-PCR och oligosackarider är etablerade. Nukleotidprober har använts för att identifiera kliniska bakterier, sekvensanalys, molekylär klassificering av bakterier och fylogenetisk analys.

framtiden för 16S rRNA

Ribosomal rRNA är avgörande för överlevnaden av alla levande ting. 16 s rRNA är mycket bevarad i den evolutionära processen av bakterier och andra mikroorganismer., Det kallas ”bakteriens molekylära fossil”. Samtidigt är dess konservatism relativ. Det finns 9 till 10 variationsregioner (V1 ~ V10) mellan de konservativa områdena. Det finns olika grader av skillnad i familjer, släkten och arter av olika bakterier, så 16S rRNA kan användas som både det är en markör för bakteriell klassificering och kan användas som målmolekyl för detektering och identifiering av kliniska patogener., PCR av den bakteriella ribosom 16S rRNA-genen som målmolekylen kan bedöma förekomsten av bakteriell infektion tidigt och identifiera arten av patogenen genom ytterligare analys av de förstärkta produkterna och kompensera för ovanstående brister. Det är ett viktigt brott vid diagnos av infektionssjukdomar och har blivit huvudmannen för bakteriologer hemma och utomlands. En av riktningarna ska studeras.

Lämna ett svar

Din e-postadress kommer inte publiceras. Obligatoriska fält är märkta *